控制样本用于监控选用的实验条件和／或实验技术的效果。经典的控制样本包括：阴性对照（包含全部PCR反应混合物而不含模板DNA，使用水或缓冲液充当模板成分，用于评估PCR成分是否被DNA污染）。同时设立“空白”，用于确认在DNA提取过程中使用的试剂不含其他模板DNA（Presley及Budowle，1994）。
        阳性对照用于监控反应成分是否失效或缺失。阳性对照是一个已知序列的高质量标准DNA。与其他参与扩增的样本使用相同引物同时扩增。阳性对照的目的是确认反应成分和温度循环参数适宜扩增特定DNA区域。